天然彩色棉花是采用雜交、基因轉(zhuǎn)導(dǎo)等現(xiàn)代生物工程技術(shù)，培育出的一種在吐絮時就具有棕、綠等色彩的棉花。2004年4月，新疆通過轉(zhuǎn)基因和克隆技術(shù)，獲得了當代表達的紅、藍、黑3個彩色棉花新品種。 2002年開始，新疆與中科院、中農(nóng)大等多家科研單位，在海南島開展彩色棉花色素基因的轉(zhuǎn)導(dǎo)工作。科研人員在上萬朵轉(zhuǎn)導(dǎo)花鈴中，獲得了當代表達的紅、藍、黑纖維變化種子。目前這3個品系還存在色素表達不均勻和不能遺傳言代的問題。這個難題解決后，我國彩棉品系將會更加豐富多彩。從上世紀60年代起，一些國家相繼開展彩色棉花品種的選育。目前世界上大面積種植的彩棉品種只有棕色和綠色兩個基本類型。